Расжатие APE на лету требует достаточно много ресурсов. Поэтому навряд ли что-либо получится. Хотя тут я не буду утверждать с уверенностью. Но наверняка именно это объясняет отсутствие ГУ с поддержкой данного формата. Возможно и из-за других соображений. Потому что APE тот же самый CD, только сжатый без потерь. Но по мне намного лучше записать много музыки в апе на внешний накопитель и не заморачиваться с дисками. Собственно, как я и делаю. Только подключаю плеер через линейник. Минус - управление с плеера, а не с ГУ. Так что даёшь ГУ с поддержкой апе и флака!
С другой стороны, так как у меня iPod, у моего Pioneer'овского ГУ есть специальный интерфейс для подключения iPod'a и тогда управление осуществляется с головы. Но так как прошивка, позволяющая слушать апе и флак на айподе, неоригинальная - через данный интерфейс плеер не распознаётся. Вот и приходится подключать к линейному входу.

Печально всё это.